За останні два століття ландшафти Вінницької області зазнали докорінних змін, на жаль, не в кращий бік з точки зору екологічної політики, яку формує і наша держава, і ряд інших європейських держав останніми десятиріччями. У структурі ландшафтів переважають аграрні та селитебно-промислові (ландшафти населених пунктів), площа лісів зменшилася з 70% до 12,8% території. У природному стані залишилися натуральні ділянки вздовж річок, деякі неосушені болота, торфовища, різнорідні морфологічно й літологічно вершини горбів, карстові форми рельєфу (на півдні області), форми рельєфу з виходами на поверхню глин, вапняків, крейди, гіпсу, пісковиків, гранітів, де фрагментарно збереглась лісова, степова, лучна і водно-болотна рослинність, площі яких становлять до 5% від площі території області.
Щоб забезпечити збереження біо- та ландшафтного різноманіття, еталонних ділянок, необхідно розширювати мережу об’єктів природно-заповідного фонду.
Структура природно-заповідного фонду (ПЗФ) області включає 4 категорії об’єктів загальнодержавного та місцевого значення. Це заказники, пам’ятки природи, заповідні урочища, парки-пам’ятки садово-паркового мистецтва. Їх охорона покладена на користувачів земельних ділянок, що передбачено Законом України "Про природно-заповідний фонд України". В області під охороною знаходиться 338 територій та об’єктів природно-заповідного фонду загальнодержавного і місцевого значення, які займають площу 23841,3 га, що становить 0,89% від загальної площі області.
Природні умови Вінниччини дуже різноманітні. Це лісові масиви, степові, лучно-болотні та водні комплекси, кам’янисті розсипи Придністров’я, мальовничі ландшафти Побужжя. Для Поділля, як частини лісостепу, характерний багатющий генофонд флори та фауни, зокрема рідкісних та зникаючих, реліктових, ендемічних видів рослин, тварин, грибів. З метою їх збереження на території області на сьогодні функціонує 21 заказник, 10 пам’яток природи, 11 парків-пам’яток садово-паркового мистецтва загальнодержавного значення та 69 заказників, 172 пам’ятки природи, 25 парків-пам’яток садово-паркового мистецтва,
30 заповідних урочищ місцевого значення.
Для комплексного вирішення питань збереження ландшафтного та біологічного різноманіття в області рішенням 9 сесії
IV скликання від 22 жовтня 2003 р. № 429 прийнято "Регіональну програму екологічної мережі Вінницької області на 2004-2015 роки". Згідно з Програмою до складу національної екологічної мережі Вінницької області включаються території та об’єкти природно-заповідного фонду: ліси, водні об’єкти, водоохоронні зони та прибережні захисні смуги водних об’єктів, інші землі водного фонду, водно-болотні угіддя, сіножаті, пасовища, полезахисні лісові смуги, землі оздоровчого та рекреаційного призначення, а також землі історико-культурного характеру, що мають особливу цінність для охорони навколишнього природного середовища, збереження біологічного та ландшафтного різноманіття, насамперед видів рослин і тварин, занесених до Червоної книги України, рослинних угруповань, занесених до Зеленої книги України.
З метою визначення природних ядер регіональної екологічної мережі Держуправлінням екоресурсів спільно з Інститутом ботаніки ім. М.Г. Холодного (м. Київ) розроблено та складено базу даних щодо видів рослин, занесених до Червоної книги Вінницької області. Роботи з визначення природних ядер на місцевості будуть продовжені в наступному році.
Історично склалося, що завдяки антропогенному впливу, а саме розорюванню степових та лучних біоценозів, вирубуванню лісів, загачуванню русел річок, висушуванню болотних комплексів - територія області значно фрагментована. При цьому переважають агроценози. У минулому році площа земель, що є складовими екомережі, і площа природно-заповідного фонду становить 231860,57 га, що складає 8,75% від загальної площі області.
Серед антропогенних чинників, які впливають на структурні елементи екомережі, біологічного і ландшафтного різноманіття в цілому на сучасному етапі слід відмітити: розорювання прибережних захисних смуг малих річок, науково необґрунтована інтродукція окремих видів риб у водойми області (товстолоб, білий амур), залісення степових та лучних ділянок (у тому числі породами, не типовими для даних територій), створення монокультур у лісових системах, не регульований випас домашніх тварин на схилових ділянках зі степовою і лучною рослинністю.
Наведені чинники ведуть до порушення природної рівноваги та деградації екосистем. Серед антропогенних чинників, які позитивно впливають на збереження біорізноманіття області, слід назвати створення штучних водойм (ставків та водосховищ). Після тривалого процесу висушування водно-болотних комплексів штучно створені водойми сприяють поширенню коловодних птахів. Так, за останні роки в області зросла чисельність лебедя-шипуна, великої і малої білої чаплі. Проте, це стосується водних об’єктів, верхня частина яких покрита заростями та водно-болотною рослинністю. Водойми, на яких переважають відкриті плеса, як правило, мають низький показник біорізноманіття.
У рамках виконання регіональної програми формування екомережі спеціалістами Держуправління проведено обстеження долини річки Мурафа та її приток - річок Лозова, Вазлуй, Буша в межах Чернівецького, Могилів-Подільського та Ямпільського районів. Басейн р. Мурафи є регіональним екологічним коридором, який поєднується з субмеридіональним Дністровським екокоридором.
Планується створення регіональних ландшафтних парків на території Немирівського, Тиврівського, Могилів-Подільського, Муровано-Куриловецького, Чернівецького, Ямпільського районів та ряду заказників і пам’яток природи місцевого значення в Барському, Гайсинському, Іллінецькому, Погребищенському і Тульчинському районах як природних ядер, а також виділення екокоридорів по притоках рік Південний Буг (річки Згар, Соб, Снивода, Десна, Удич, Сільниця, Дохна, Рів, Савранка) та Дністер (річки Мурафа, Лядова, Немія, Русава, Марківка, Жван). Існуючі та новостворені об’єкти місцевого та загальнодержавного значення, буферні зони навколо них також увійдуть до екомережі як природні ядра.
Флора Вінницької області налічує 105 видів, занесених до Червоної книги області,
з них 92 види є рідкісними і зникаючими. Фауна області нараховує 640 видів, з яких до Червоної книги області, які є зникаючими і рідкісними, занесено 137 видів. Рішенням 13 сесії обласної ради ХХІІ скликання від 30 січня 1998 р. № 629 затверджено Положення про Червону книгу Вінниччини.
Відповідно до вимог Конвенції CITES
в області було складено списки видів флори і фауни, які знаходяться під охороною
в ряді країн світу. Відповідно до переліку видів внесено зміни до списків рідкісних та зникаючих видів області. Серед тварин, занесених до Конвенції CITES, на території області мешкає 138 таких видів. Відповідно до списків Бернської Конвенції CITES про охорону дикої флори і фауни та природних середовищ існування в Європі та Вашингтонської Конвенції про міжнародну торгівлю видами дикої фауни і флори, що перебувають під загрозою зникнення, на території області зростає 4 види таких рослин.
Вінницька область має невеликий відсоток водно-болотних угідь. Територій, які могли б мати міжнародне значення, лише дві: "Микулинецькі стави" Літинського району та долина р. Снивода Хмельницького району. Протягом 2004 р. проводилось дослідження територій "Микулинецьких ставів" з метою встановлення видового складу орнітофауни в різні пори року. Після завершення досліджень мають готуватись відповідні документи для переведення цього об’єкта до категорії водно-болотного угіддя міжнародного значення.